在第二集中，尼奥（基努·里维斯（KeanuReeves）饰演的基努·里维斯（KeanuReeves））未能从内部摧毁“母亲尸体”。他的身体在现实世界的宇宙飞船上陷入昏迷，但他的思想陷入了“母体”和现实之间。在世界的中间，这个地方是由“火车人”控制的。墨菲（LaurenceFishburne），三位一体（嘉莉·安妮·莫斯（Carrie-AnneMoss））等人了解了尼奥的情况。他们在守护天使的带领下，经过激烈的战斗，发现了“火车人”的指挥官梅洛文奇救出了尼奥。这时，电子乌贼部队对锡安展开了猛烈的进攻，人类组织了所有机甲战士发起了顽强的抵抗。情况危在旦夕。Neo和Trinity驾驶航天器克服了许多困难并到达了机器城，NeoI终于遇到了机器世界的统治者“机器王”，并且双方进行了谈判并达成协议：Neo摆脱了Smith他不受“矩阵”的控制，以换取锡安的和平。在《母亲的身体》中，尼奥和史密斯展开了有关人类生死的最后决斗。

精选短评：在《黑客1》的结尾所说的那个“无限可能的世界”无疑给了我们最美好的憧憬，但是在《黑客3》中，尼奥的死亡却达到了弥赛亚主义的最高潮，虽然“上帝之国”依然没有得到建立，虽然最后的平衡只是暂时的，但是《黑客帝国》依然给我们留下了一个大同世界的梦。