哀痛的爱德华和阿尔冯斯两兄弟，企图使用炼金术中最大的忌讳——人体炼成术救活撒手人寰的母亲，谁知却遭受巨大的灾祸。失掉身体的阿尔冯斯，其魂灵被封禁在盔甲中，爱德华则以自己的右臂和左脚为价值，迫使弟弟停步冥国门前。许多年后，爱德华（山田凉介 饰）生长为这个国家中最年青的钢之炼金术师，他与弟弟（水石亚飞梦 配音）上下一心，一起奔驰在寻觅贤者之石的道路上。与此同时，奥秘的人造人拉丝特（松雪泰子 饰）、恩维（本乡奏多 饰）盘桓这个国家的旮旯，她们策划者恐惧的阴谋，一时间上空阴云密布…… 本片依据荒川弘的原作漫画改编。