22世纪末，被人类称作“加米拉斯”的不明外星生物占据火星，并继续向地球发射带有激烈放射性物质的游星炸弹，致使地球人死伤无数，濒临灭绝，被逼转到地下求生。在这紧要关头，人类组成世界舰队远征火星，成果简直全军覆没，幸运逃回的大和号成为人类最终的期望。与此同时，一个奥秘设备穿越万里银河掉落地球，经检测发现该设备居然能消除放射性物质。为了从设备的主人——麦哲伦星云伊斯坎达尔星的高才智生物那里寻求协助，人类决议背注一掷，差遣大和号进行这次远征。火星之战中失掉哥哥的原世界舰队成员古代进（木村拓哉 饰）应召归队，和一众老友成为了见证巨大前史时间的一员。而得知人类意向的加米拉斯也发起了一波波的丧命进犯…… 本片依据松本零士的同名原著改编。