遭受学校暴力的女高中生真子，在图书馆发现了一本有关忍者的儿童书《雷风刃》，这本书成了她仅有的心灵安慰。她的面前呈现了书中的忍者西洛和尤亚，带着真子穿越到了江户年代。在伊贺的国际里经过传说中的忍者才藏的攻略，真子开端了忍者修行，而《雷风刃》中的反派原田堪助呈现在了实际国际。