春秋战国时期，一位叫秦越人的医师，因医术高明，被大众称做传说中的神医扁鹊。他本有一个美好的家庭，但为了求得真实的医术，终年离乡背井周游列国于民间行医。一次，他在虢国，那里正盛行瘟疫，他冒着生命危险为老石公治好了沉痾，并亲自到牛头山揭露了假借扁鹊名义跳神弄鬼愚弄大众的巫祝，使大众信任医学才干看病。扁鹊经过长期实践，总结出望、闻、问、切四诊法，为大众治好了许多疑问疾病。正中这时，虢太子病重，宫内大幡高竖，似要准备办凶事。扁鹊抵达，抓住时机，用银针在"百会"穴道行针，虢太医、巫祝等均不信任能见效，但行针后，太子公然苏醒过来。虢夫人见爱子妙手回春万分快乐，便设酒宴款留扁鹊，想命他为太医令。但扁鹊离不开民间，便婉言谢绝了。谁料巫祝焚香请神烟熏火燎，再次使太子晕厥，虢夫人呵退巫祝，请来扁鹊用神针又一次救活了太子。扁鹊逃离虢国宫门回来牛头山。虢夫人派人追请扁鹊，巫祝打通骑士欲暗算扁鹊。此刻扁鹊的医宗医册被人偷走，他懊悔莫及。虢夫人派的人马很快赶到。在危机之时，老石公挺身而出，穿上扁鹊的衣冠，翻身上马直奔山路。追兵穷追不舍，迫使石公走上山崖,被巫祝打通的骑士用暗箭射死，人马一起坠入万太深渊。虢宫便认为扁鹊死了。扁鹊收石公之子子豹为义子，搭车弃医回来故乡，他为全国不平事而郁闷不乐。齐国国君齐桓侯召见扁鹊，扁鹊一见齐王，就判定齐侯身有荫蔽的重疾，要求快治。不料齐王不信任，遂将扁鹊轰出了宫门。数日后，齐王公然病入骨髓，但因相信太医中伤扁鹊之言，而文过饰非，终被病魔夺去了生命。太医反巫告扁鹊，齐夫人便命卫兵缉捕扁鹊问罪，未拿到扁鹊，却把扁鹊夫人处死。扁鹊只得带儿女漂泊至秦国达九年。扁鹊之女玉洁与义子子豹也成婚生子。秦王礼贤下士，私访了扁鹊，扁鹊向秦王倾吐了他著书流传后世之志，得秦王赞赏。扁鹊意外地发现丢掉多年的医书被太医窃为己有，他愤慨之极当场拆穿本相，齐太医与巫祝依仗权势将扁鹊终身的汗水所著之内外经文焚成灰烬，并派人暗算了扁鹊。子豹又背起扁鹊药囊，踏上了险阻的医学之路。似乎还有儒法斗争的痕迹