故事出自连拍三集的《倩女幽魂》，徐克二维人物动作结合三维布景电脑处理，成为卡通漫画版。电影制造历时四年，糅合了日本动画和我国传统我国板画风格。宁采臣（林海峰 配音）在鬼城郭北县遇上了一个令他一见钟情的女鬼小倩（袁咏仪 配音），惋惜小倩只想汲取宁的阳气给姥姥（陈慧琳 配音），却意外地救了宁一命。这时道士燕赤霞（黄沾 配音）来到，鬼魅们逃命，宁舍命救了小倩。为免小倩尴尬，自愿与小倩去见姥姥。当姥姥要吸宁的阳气时，小倩改变了初衷，救了宁。宁与小倩海誓山盟，愿来世再续缘。当他们投胎时，遇到了来报复的黑山老妖，后来被跟来的燕杀死。但是以打扫全部妖魔鬼魅为方针捉鬼大师白云（黄敏民 配音）和十方（葛民辉 配音）却要消除一切投胎的妖怪，燕不得不与他们斗法，最终同归于尽。阅历了种种锻炼，宁总算得以与小倩重逢，再也不别离……