16年前，射手座黄金圣斗士艾欧洛斯怀有真实的女神转世雅典娜逃出圣域，途中遭到双子座撒卡和摩羯座修拉的阻击身负重伤。命运的趋势下，垂危一线的艾欧洛斯将女神托付给刚好来喜马拉雅山脉探险的日本城户财团总裁城户光政（大杉涟 配音）。知晓来龙去脉的光政将女神带回日本，并为之起名沙织，以孙女的名义将其抚育长大。承受命运和女神的感化，通过艰苦练习的星矢（石川界人 配音）、紫龙（赤羽根健治 配音）、冰河（小野贤章 配音）、瞬（冈本信彦 配音）等少年相继回到日本，现在他们已生长为足以独立自主的圣斗士。与此同时，奉教皇之命的刺客接二连三从圣域来到日本，一场足以载入史册的正邪之战就此拉开序幕……