《缄默沉静》改编自闻名日本作家远藤周作的同名小说。故事发生在德川幕府时代禁教令下长崎邻近的小村子，一个葡萄牙耶稣会的教士偷渡到日本布道，并查询恩师因遭受「穴吊」酷刑而发誓弃教一事，由于这事在其时欧洲人的眼中，不只是个人的波折，一起也是整个欧洲崇奉、思维的羞耻和失利。在布道与寻访的过程中，崇奉与叛变、纯洁与背德、强权与低微、受难与惊骇、坚贞与隐忍、挣扎与超逸……一切的两难情境都面临了，强逼着他对基督的崇奉进行更深层且更实际的思索，终究，他彷佛也走过一趟恩师的心路历程，具有自己对崇奉的诠释与实践。