甲骨文局特工高云龙（阮松阳饰演）受命进入明代，寻找她的朋友曹小梅（由陈家欢饰演），同时追溯了组织的时空破坏的阴谋，并在同时帮助了东林学院和东昌之间的纠纷。东林学院的成员被一再杀害，但没有凶手的线索。哥哥叶景清（宋廷君饰演）终于向明朝报案，并请皇帝下令彻底调查谁在迷惑人民，并直接指着东昌。此时，巨大的悲伤以公义结束，高云龙留在明朝继续他的事业。