32集电视剧《牦牛岁月》以讴歌汉、藏民族大团结为主题，藏汉混血儿灵秋的父亲龙一是早年到香格里拉古城做生意的汉族马锅头，在一次雪崩中被藏族牧民姑娘卓玛相救，两人一见钟情结为夫妻。为报恩，龙一依然走进死亡谷一去不回。不久灵秋出生，为报答土司旺堆的帮助，卓玛到旺堆家帮佣，而灵秋也成了旺堆儿子贡布的玩伴，从小备受贡布欺负。开金矿的贵族之女拉姆与旺堆家族关系密切，漂亮的拉姆成为了贡布的追求对象，但是拉姆对贡布飞扬跋扈的做派非常不满，反而对忍辱负重的灵秋报以同情。日久天长，这种同情变成了朦胧的爱情，灵秋怕因此伤害了贡布，只好故意躲避拉姆。
拉姆对灵秋的爱慕最终惹怒贡布，贡布狠狠地鞭打灵秋出气，拉姆见到这个情景，愤怒地折断了鞭子。卓玛知道后诚惶诚恐，让灵秋去给贡布道歉，灵秋不从，卓玛平生第一次打了灵秋，倔强的灵秋离家出走。卓玛只得自己去找旺堆请罪，好在旺堆还算开明，并没责怪卓玛。卓玛四处寻找失踪的灵秋，终于在死亡谷把他找到，卓玛给灵秋讲了父亲龙一的故事。原来龙一过世后，是在旺堆的主张下，古城人筹钱安葬了龙一，未曾谋面的父亲留给儿子唯一的遗愿就是要学会感恩。懂事的灵秋主动与贡布和好，深得旺堆喜欢。
拉姆开始对灵秋发动爱情攻势，灵秋虽然还是躲避，但内心却非常痛苦，因为他也深爱着拉姆。为化解与贡布的矛盾，卓玛也不许灵秋与拉姆结婚。拉姆说服灵秋与贡布以赛马论婚姻，在拉姆的精心安排下，灵秋跟牧民出身的拉姆及其父亲学习骑马，终于在赛马会上打败贡布，赢得了拉姆。贡布不服，要与灵秋在死亡谷狩猎比试胆量，突遇意外险情，灵秋救了贡布一命，两人结拜兄弟。
贡布口服心不服地眼看着心爱的女人与自己看不上眼的灵秋结了婚，他也赌气娶了拉姆的妹妹金珠，但任凭善良的金珠如何奉献，贡布还是依旧心系拉姆。成了婚的两个家庭经常会冤家路窄碰在一起，难免发生矛盾，贡布每次想以少爷的优势压制灵秋，都被拉姆化解。土匪抢劫古城，旺堆和贡布都被土匪抓走，灵秋与土匪斗智斗勇，救了旺堆父子。拉姆献出藏宝图支撑丈夫重建古城，灵秋成为了古城英雄。旺堆受伤不能主持古城事务，在县长和众人的支持下，开明的旺堆力推灵秋做了土司，再次伤害了儿子贡布，贡布因此远走他乡。
红军要来的消息打破了平静的古城，国民党挑拨藏汉关系，古城百姓误把红军当成魔鬼。关键时候，贡布与县长之子段鹏衣锦还乡，段鹏以国民政府特派员的身份力主剿灭红军，把古城拖入战火的边缘。一个偶然的机会，红军救了灵秋的儿子才旦，使得灵秋和拉姆与红军先遣团团长刘明生及夫人黎虹相识，通过接触，灵秋觉得红军并不像传说中的魔鬼，反而更像是菩萨兵。为避免不必要的战火，灵秋决定为红军打开城门。段鹏又施诡计，诬陷灵秋是为了私利与红军为伍，本来就不服灵秋的贡布与段鹏站在一边，共同对付灵秋。
为斩草除根，国民党抓了灵秋，这让贡布看清了国民党的丑恶嘴脸，贡布救出了自己的情敌灵秋，并与国民党保持距离，红军因此得以进城。但因曾杀过红军团参谋长，贡布还是随段鹏等人逃走。红军面临筹粮困难，灵秋为报答红军救子之恩，不仅与刘明生结拜兄弟，还主动帮助红军筹粮。而逃出古城的段鹏之流并不甘心失败，三番五次派特务捣乱，搞得古城人心惶惶。
为制造贡布与灵秋的矛盾，段鹏等人一方面拉拢贡布，一方面利用旺堆土司意外死亡大做文章，最终使得贡布与灵秋反目成仇。段鹏趁热打铁委任贡布为古城保安团团长，对红军进行围剿，为避免伤及百姓，红军悄然离开古城，不得已将伤员留下，刘团长把受伤的女儿小田田留给了灵秋。被任命为新县长的段鹏罢免了灵秋，促成贡布当上古城主事的土司。段鹏与贡布联手疯狂搜查红军留下的伤员，发现了小田田的踪迹，为保护危在旦夕的小田田，走投无路的拉姆割断自己的动脉血管，让小田田吸她的血保住了性命，而拉姆却献出了生命。
失去拉姆的灵秋，把这笔账算到了贡布头上，两家从此势不两立。为了安全，灵秋给小田田取了个藏族名字----格桑梅朵。抗日战争爆发，在国共合作的背景下，势不两立的灵秋与贡布常常一起共事，两人从互不理睬到相互伤害，可以说斗智斗勇、笑话层出。加之灵秋的儿子才旦、才让和贡布的独子布托，恰巧都爱上了美丽的格桑梅朵，搅得灵秋与贡布的关系矛盾重重而又欲罢不能。格桑梅朵自有主张，她心仪的人是才旦。失意的才让和布托双双走上了从军之路，布托成了国军军官，才让最终血洒疆场。
秋再遭打击，痛苦使他失去理智，怀疑贡布公报私仇，欲找贡布讨说法，两人已经缓和的关系又立即紧张起来。贡布家　心怀鬼胎的管家帕加趁机火上浇油，查出了格桑梅朵的真实身份，禀报贡布，不仅没得到贡布的奖赏，反而挨了一个耳光。日本投降，国共关系破裂，帕加将格桑梅朵的真实身份密告了段鹏，段鹏立即抓捕格桑梅朵，幸好内线暗中传信才化险为夷。
才旦和格桑梅朵一路北上去延安寻找当了师长的刘明生和黎虹，不巧两人已被派往苏联。人民解放军以摧姑拉朽之势突破长江防线，国民党即将灭亡，为和平解放古城，党组织秘派才旦和格桑梅朵返回古城。因贡布当着灵秋的面把告密的帕加打死，两人的矛盾有所缓和，所以才旦和格桑梅朵把贡布也当成了争取对象。段鹏垂死挣扎，以杀过红军高官一事威胁贡布，使其上当，暴露了地下党的秘密接头点。才旦为掩护同志英勇牺牲，布托也受了伤，灵秋气急攻心，对前来看望儿子的贡布大打出手。
格桑梅朵继承才旦遗志，说服布托领导国军和平起义，古城和平解放，枪毙了罪大恶极的段鹏。人民政府对贡布的过去既往不咎，让灵秋与贡布都担任了政府的领导，灵秋冒死出面宣传党的民族政策，劝降了欲上山当匪的贡布，两人终于一笑泯恩仇。
朝鲜战争胜利，得知刘明生和黎虹回到北京，灵秋忍痛割爱主动把格桑梅朵送回亲生父母身边。亲人团聚本是喜事，可是面对义薄云天的养父灵秋，格桑梅朵陷入痛苦的选择。最终在刘明生和黎虹的支持下，格桑梅朵选择了重返香格里拉，与藏族养父灵秋一起生活，直到养父离开人间，格桑梅朵才回到北京的亲生父母身边 ……