搞笑古装电视剧《皇上二大爷》故事发生在大明万历十二年，二十一岁的神宗皇帝万历喜得第二子，但因后宫宠妃趁机且惑，万里皇帝年轻任性，欲废长立幼，让第二子当储君太子，廷议一出，顿时引起满朝文武两派之间尖锐冲突，双方各怀自己的目的，为各目的利益集团争吵不休，事态竟发展到不可收拾的程度。为解决这个辣手的问题，平复矛盾，双方都想到了闲居民间多年的硕二爷。传说中，先皇赐予硕王爷的金痒痒挠里藏有专门解决立储之争的先皇密诏，双方都想探知，都想利用，这种形式下，万历与太后分别下旨，传硕王爷进宫解决立储之争。
但硕王爷认为，皇上尚年轻，有许多举国大事要做，不应陷入立储之争而误了大纲。他以特殊的方式和硕二爷个性化的手段劝谏年轻的皇上，引导青春期的皇上去关心民间疾苦，为老百姓的安居乐业多办实事。他故意拖延时间，以给皇上思索和反省的时间，大兴到宫中也就两个时辰的车程，他竟走了足足一百天，黄二子“百岁”之际，最后揭开痒痒绕中的先皇密诏，竟与硕二爷用意不谋而合，化解了一场危机，也成熟了年轻的天子。
与此同时，在这一百天里，硕二爷既要应酬真假之间的一次次催旨，且要与平王刀光剑影迂回周旋，还要切实解决民间一出出不能不解决的“着急得要死人”的小事儿大事儿，整治了恶霸牛怀根欺男霸女、破除孝义庄的养老阁陋习等等。在硕二爷看来，这些琐碎的民间小事看起来虽小，但是却不逊于窃国偷天，是直接关系着老百姓能否安居乐业和温饱冷暖的大事儿，在我永硕或许是举手之劳的碎事儿，可老百姓过日子，这些可都是天顶天的命根子事儿，一个也不能少，一件也不能落。硕二爷累，硕二爷苦，硕二爷险，硕二爷也乐呵，忙忙碌碌、喜怒哀乐，构成了一个活生生的“我们的二大爷”！