在U.C.0097时期，“拉普拉斯事件”纠纷结束后，两个独角兽高达被秘密印章封印，新吉翁残党“臂章”也崩溃了。当人类逐渐摆脱战争的阴影时，已经失踪了两年的独角兽3号“凤凰”突然出现了。它具有颠覆世界秩序的力量，并立即触发了地球联邦军，吉恩臂章残余党和卢。欧洲商会的三支部队正在竞争狩猎，宇宙摊牌即将开始...